conocida inicialmente como diócesis de las Mixtecas, se encuentra enclavada en la región de los Ñiusabi, en el glorioso país de las nubes en la región conocida como la Mixteca, y abarca parte los Estados de Puebla y Oaxaca. Tiene una extensión de 26 000 Km. cuadrados. A partir del 13 de Noviembre de 1904 se le denomina, diócesis de Huajuapan de León.
La diócesis fue creada el 29 de Marzo de 1902 por la Bula “Apostólica Sedes” y se le dio cumplimiento el 12 de Mayo de 1903 con la toma de posesión del primer obispo Rafael Amador y Hernández. Esta nueva diócesis fue conformada con parroquias de Oaxaca y Puebla. El clero se componía de 43 sacerdotes y 35 parroquias. Al celebrarse los 105 años, el pasado 12 de Mayo, cuenta actualmente con 282 sacerdotes y 73 parroquias agrupadas en 9 decanatos. Desde el año 1856 tenia un Seminario como extensión del seminario Palafoxiano de Puebla y en 1889 el Señor Obispo, Francisco Melitón Vargas, decretó oficialmente su fundación. En 1904 se fundo el Seminario de San Juan Bautista y actualmente lleva el nombre del Seminario Conciliar de San Rafael Arcángel. En este Seminario se han formado Sacerdotes de España, Chihuahua, Zacatecas, Guadalajara, Toluca, Guanajuato, de Zacatlán de las manzanas Pue. Del D.F., de los Estados de México como Tultepec, San Miguel Ocampo, de Oaxaca como Tlaxiaco y desde luego de esta diócesis de Huajuapan. En 105 años de vida podemos enumerar a los 9 Pontífices que desde Roma apacientan esta pequeña diócesis: León XlII, Pío X, Benedicto XV, Pío Xl, Pío XII, Juan XXIII, Pablo I, Juan Pablo II y Benedicto XVI. Los Obispos, que como pastores han guiado la Diócesis de Huajuapan de León son: Rafael Amador y Hernández, de Chila, Pue.; Luís Altamirano y Bulnes de ciudad Serdán; Jenaro Méndez del Río, de Pajacuaran, Mich.; Celestino Fernández y Fernández, de Santa Inés, Mich.; José López Lara, de Moroleón, Gto.; José de Jesús Aguilera, de Irapuato, Gto.; Felipe Padilla y Cardona, de Gto. y el actual Teodoro E. Pino Miranda, de Cucurpe, Son.