En la mitad de la década de los sesentas, apareció la primera Escuela Preparatoria en la Heroica Ciudad de Huajuapan de León. Sólo eran cuatro alumnos y pagaban una colegiatura. Dos años más tarde fue incorporada a la UABJO y se le asignó el número tres. Así nació la Escuela Preparatoria 3 de la UABJO con el turno vespertino. Cuarenta años después, tiene dos turnos y casi un millar de alumnos. Su influencia en la región ha sido determinante porque durante muchos años fue la única escuela preparatoria De sus aulas han surgido personajes distinguidos en la política y en la academia. En 1976 y a raíz del conflicto universitario en la Ciudad de Oaxaca, que motivó la creación de la Universidad Regional del Sureste (URSE), se instaló en la Heroica Ciudad, una Escuela Preparatoria dependiente de dicha Universidad. Esta segunda preparatoria aportó apenas cinco generaciones y fue cerrada por deficiente administración. La Prepa 3 volvió a quedar como la única opción. La región Mixteca inició la década de los noventa con más opciones educativas en el nivel medio superior y superior: La Universidad Tecnológica de la Mixteca (UTM), el Colegio de Bachilleres de Oaxaca (COBAO) y tres preparatorias particulares. Actualmente son casi diez escuelas preparatorias que atienden al estudiantado de la región. Y la Prepa 3 se mantiene como la pionera y una de las más significativas de la región.
La Prepa 3 es demandada por los estudiantes porque adquieren su pase directo a las diversas carreras que tiene la UABJO. Los egresados de las demás, tienen que someterse a un examen de admisión que les dificulta el ingreso.
Durante el conflicto universitario de 1976 que provocó la caída del Gobernador Manuel Zárate Aquino, el campus de la Escuela Preparatoria tres, fue escenario de cruentas luchas entre estudiantes y porros. La violencia salió a las calles y esa generación de estudiantes vivió la crisis más importante que ha habido en esa escuela. Los estudiantes más pudientes económicamente se fueron a la prepa de la URSE. Sólo en 1976 hubo cuatro directores de la Prepa 3 y al finalizar el conflicto vino el ajuste de cuentas: le dieron de baja a profesores y alumnos que no comulgaron con el movimiento. Estos ajustes influyeron también en el nuevo escenario político de Huajuapan de León. Esa generación tiene en su memoria los nombres de los que en su momento fueron tildados de traidores y de reaccionarios. Y casi todos ellos se acomodaron en el PRI.
A raíz de ese movimiento, la Prepa 3 adoptó la ideología liberal democrática y popular que fue el concepto acuñado para toda la UABJO. Las figuras de Castro, Che Guevara, Salvador Allende y los beatles; así como la música de protesta y la trova, encabezaron el modo de pensar de esa generación. La Prepa 3 alcanzó una influencia significativa en la vida social y política de la Ciudad: los bailes de gala para festejar el 14 de febrero, se volvió tradicional y siempre se esperaba a un grupo musical de moda. Así vinieron en su momento los Baby´s, Ángeles Negros, Terrícolas, Socios del Ritmo, Los Joao, la Tropa Loca, entre otros. A los alumnos del tercer año les tocaba organizarlo y obtenían los fondos necesarios para realizar su viaje de fin de cursos. Cuando había conflictos políticos, ahí estaban los preparatorianos, sobre todo en los conflictos poselectorales en las elecciones municipales.
Hasta 1980 se vivió en la Prepa 3 esa influencia popular y democrática, que permitió al alumno una libertad de creación y de iniciativa política. Había por lo tanto, una participación más genuina en el nombramiento del Representante de la Base Estudiantil, y del Representante del Consejo General de Representantes (CGR), que eran los dos cargos más importantes a los que podía aspirar un estudiante, porque quien los ocupaba, formaba parte del Consejo Universitario, que es el máximo órgano de gobierno de la UABJO. En los últimos 28 años los directores han administrado con una ideología conservadora y de sometimiento de los alumnos a un modelo autoritario, en los que no se permite que el estudiante libere sus inconformidades. Se suprimió la novatada anual de pelonear a los de nuevo ingreso.
Sin embargo, en el contexto de la evaluación, la Escuela Preparatoria 3 de Huajuapan de León, es la más productiva de la UABJO. Por eso es importante la elección del nuevo rector de la UABJO.